La sezione più particolare del museo, ed anche quella che forse i bambini piccoli e gli adulti più impressionabili dovrebbero saltare, è la sala dedicata all'attività di William Hunter come medico: in barattoli di vetro si trovano conservati organi interni e campioni di tessuti di uomini ed animali. Inoltre Hunter era molto interessato -come tanti altri nel suo secolo- agli scherzi di natura, ed animali nati con evidenti deformità sono stati impagliati e conservati su sua richiesta. Degli studi hanno scoperto che molti di questi reperti sono in realtà delle finzioni, realizzati appositamente e che probabilmente hanno ingannato anche Hunter stesso, che non possedeva gli strumenti moderni per esaminarli. Tuttavia mantengono il loro fascino leggermente morboso, e saranno difficili da dimenticare, come tutti gli altri reperti di questa sala.
In un altro piano della sala principale si trova inoltre la collezione di Lord Kelvin, scienziato scozzese: strumenti tecnologici e scientifici che narrano il progresso della scienza e ne spiegano in modo semplice alcuni aspetti.
Nello stesso edificio dell'Hunterian Museum, si trova l'accesso ai celebri portici dell'università di Glasgow, noti anche come Undercroft, talmente suggestivi da essere usati spesso per la ripresa di film e serie tv.